Gra, dostępna od wczoraj (27 stycznia) na iOS i Androida w języku angielskim, hiszpańskim, katalońskim i włoskim, jest wynikiem trwającego dwa i pół roku obywatelskiego projektu naukowego opracowanego przez zespół naukowców z Centrum Regulacji Genomicznych (CRG), Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) oraz specjalistów od gier.

Na czym polega gra i kto może grać?

Gracze muszą rozwiązać zagadkę złożoną z szeregu klocków o różnych kolorach i kształtach. Każdy ciąg reprezentuje sekwencję genetyczną w linii komórek rakowych, a sposób, w jaki gracze organizują bloki, jest potencjalnym rozwiązaniem problemu lokalizacji genów. Należy przeorganizować bloki tak, aby uzyskać jak najwyższy wynik. Im wyższa liczba graczy i wysokie wyniki, tym większe prawdopodobieństwo, że badacze znaleźli prawidłową sekwencję dla tej konkretnej lokalizacji na mapie referencyjnej.

- Każdy, kto ma smartfon, z dowolnego miejsca na świecie może bezpłatnie pobrać GENIGMĘ i wnieść bezpośredni wkład w badania naukowe - mówi Elisabetta Broglio, koordynatorka ds. nauki obywatelskiej w CRG. Jak wyjaśnia, GENIGMA przeanalizuje rozwiązania dostarczane przez graczy jako zbiór, a nie jako jednostki, i wykorzysta kreatywne rozwiązania, których nie da się znaleźć za pomocą deterministycznych algorytmów.

W jaki sposób gra pomaga naukowcom?

Gra została stworzona, aby wesprzeć światowe wysiłki badawcze dotyczące linii komórek nowotworowych, które są kluczowym zasobem wykorzystywanym przez naukowców do badania raka i testowania nowych leków do leczenia tej choroby. Jednym z ograniczeń badawczych nad liniami komórek nowotworowych jest brak map referencyjnych genomu o wysokiej rozdzielczości, które są niezbędne, aby pomóc naukowcom w interpretacji ich wyników naukowych, na przykład w określaniu lokalizacji genów będących przedmiotem zainteresowania terapeutycznego lub potencjalnych miejsc mutacji.

- Dzięki liniom komórkowym mamy szczepionki, wiemy, jak stosować chemioterapię czy leczyć niepłodność. To czyni je filarem współczesnej biologii - wyjaśnia profesor Marc A. Marti-Renom, którego badania stanowią podstawę projektu GENIGMA. - Jednak brak map referencyjnych genomu ogranicza obecny postęp naukowy. To tak, jakby prosić ludzi, aby poruszali się po nowoczesnych miastach za pomocą map z przeszłości. Z pomocą innych osób możemy aktualizować te mapy, co pozwoli nam na szybkie postępy w badania nad rakiem piersi - dodaje.

Jakie dane naukowe otrzymamy?

Pierwsza mapa referencyjna genomu, którą naukowcy spróbują rozwiązać, dotyczy linii komórkowej raka piersi T-47D, jednego z najczęściej wykorzystywanych zasobów w badaniach nad rakiem. Zespół badawczy GENIGMA szacuje, że gdyby  było 30 tysięcy graczy rozwiązujących średnio 50 gier, to każdy wygenerowałoby wystarczającą ilość danych, aby ujawnić mapę referencyjną 20 000 genów w tej linii komórkowej raka piersi.

Gra startuje dzisiaj z trzymiesięczną kampanią - #GenigmaChallenge. Co tydzień w poniedziałek, przez trzy miesiące zespół GENIGMA będzie wprowadzał nowe fragmenty genomu z linii komórkowej T-47D do ułożenia przez graczy. Pierwsze fragmenty genomu, które należy uporządkować, pochodzą z chromosomu 17, który zawiera dużą liczbę genów związanych z rakiem piersi. Obejmuje to także mutację BRCA1.

Od czego się zaczęło?

GENIGMA była rozwijana przez dwa i pół roku, angażując ponad 500 osób w 13 warsztatach. Gra została opracowana i przetestowana przez zróżnicowaną grupę osób z różnych środowisk, w tym naukowców, studentów, nauczycieli, artystów, lekarzy, bioetyków, dziennikarzy, przedstawicieli organizacji pacjentów, artystów i twórców gier. Naukowcy uruchomili GENIGMA, ponieważ uważają, że dane generowane przez graczy mogą być skuteczniejszą metodą aktualizacji map referencyjnych w porównaniu do korzystania z samej sztucznej inteligencji. „Inteligencja stada” graczy może również zapewnić kreatywne rozwiązania w sposób, którego sztuczna inteligencja może nie być w stanie.

Polecamy także:

Co o nowym projekcie ustawy antycovidowej sądzi MZ?

"Zdrowie w rozmowie" - pacjent partnerem dla lekarza?

Jakie są „Priorytety w obszarze neurologii” na 2022? - relacja